婚姻登记机关不能受理。可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。因配偶失踪要求离婚是否合理(一)重婚或有配偶者与他人同居的；一方当事人失踪的，调解无效，
婚姻当事人一方因配偶失踪，生死不明，造成名存实亡的，婚姻当事人申请离婚的，应当由人民法院办理，婚姻登记机关不能受理。
因为，婚姻登记机关受理的是男女双方自愿的离婚，一方当事人失踪的，婚姻登记机关无法审查双方当事人是否属于自愿离婚。
【法律依据】
《婚姻法》第三十二条，男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
(一)重婚或有配偶者与他人同居的；
(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；
(四)因感情不和分居满二年的；
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。
