分离胶可以使蛋白质样品按照蛋白质的相对质量的大小分离。浓缩胶浓度低，可以提高原子的距离，浓缩胶和分离胶分别发挥的作用
浓缩胶的作用如下：
减小离子在移动时的阻力。浓缩胶浓度低，孔径大，因此浓缩胶可以减小离子在移动时的阻力。
可以堆积在一起。浓缩胶具有堆积作用，可以把较稀的样品加在浓缩胶上，经过大孔径凝胶的迁移作用而被浓缩至一个狭窄的区带中。
提高电泳的准确度。浓缩胶可以形成以稳定的界面，使蛋白聚集在移动界面附近，浓缩成一中间层，大大提高了电泳的灵敏度。
分离胶的作用如下：
提高原子的间距。分离胶为一种水溶性胶粘剂，可以提高原子的距离，从而达到使物质的目的。
使蛋白质相互分离。分离胶可以使蛋白质样品按照蛋白质的相对质量的大小分离。
